La capitale Panamá City è l'unica grande città e si trova nella parte centrale del Paese, sul lato che si affaccia sull'Oceano Pacifico; il territorio è piuttosto montuoso, con le vette più elevate che hanno origine vulcanica e sono situate nella zona occidentale, a ridosso del confine col Costarica.
Panamá è suddivisa a livello amministrativo in 10 province e 4 territori indigeni, chiamati comarche; Darien, nell'estremità orientale al confine con la Colombia ed il Sudamerica, e Veraguas sono le due province più estese, entrambe con una superficie superiore ai 10.000 Km², mentre Panamá è di gran lunga la provincia più popolata, dato che accoglie oltre 1/3 della popolazione.
Metà dei 18 centri urbani con almeno 20.000 abitanti si trovano nelle immediate vicinanze della capitale Panamá City, che nel suo agglomerato ospita oltre 2 milione di persone; fra le altre città ne abbiamo una in corrispondenza dell'altra imboccatura del Canale di Panamá, sull'Oceano Atlantico, oltre ad altri centri abitati nella parte occidentale del Paese, con le province più orientali invece totalmente prive di insediamenti di grandi dimensioni.