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La capitale e maggiore città della Moldavia, Chisinau, si trova nella parte centro-meridionale del Paese; non esistono montagne nel territorio, ma soltanto delle colline, alte al massimo poco più di 400 metri.
La Moldavia è suddivisa a livello amministrativo in 32 distretti, 2 municipalità (Chisinau e Balti) e 2 regioni semi-autonome, la Gagauzia e la Transnistria, che nello stesso periodo in cui la Moldavia si è staccata dall'ex-Unione Sovietica si è dichiarata anch'essa indipendente e che ha di fatto un suo governo, con capitale Tiraspol, la seconda città più popolosa della Nazione; Tighina è sulla carta una municipalità della Moldavia, ma viene controllata dalla Transnistria.
Solo 4 città superano i 50.000 abitanti, con altri 27 centri urbani che hanno una popolazione superiore alle diecimila unità, ma sono spesso vicine a questa soglia.