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In Germania nasce il secondo fiume più lungo d'Europa, il Danubio; esso attraversa buona parte della Germania meridionale (da ovest verso est), per poi proseguire il suo lungo corso attraverso molti altri Paesi europei, prima di sfociare nel Mar Nero.Il secondo fiume in termini di lunghezza, il Reno, riveste però un'importanza maggiore, dato che è molto utilizzato per lo spostamento di merci, grazie al fatto che è interamente navigabile per quanto riguarda il tratto tedesco e fino alla sua foce nel Mare del Nord nei vicini Paesi Bassi.
Gli altri due corsi d'acqua principali, Elba e Oder, attraversano la Germania orientale e settentrionale, col primo che sfocia nel Mare del Nord poco dopo aver bagnato Amburgo, città col terzo porto europeo per traffico merci, mentre il secondo non entra mai completamente in Germania, ma segna per un buon tratto il confine con la Polonia.
Il fiume più lungo che scorre interamente in territorio tedesco è invece il Meno, che nasce in Baviera e poi continua per oltre 500 chilometri in direzione ovest, bagnando anche Francoforte, poco prima di immettersi nel quasi omonimo Reno nei pressi di Magonza.
| Fiume | Lunghezza | Foce | Länder attraversati |
| Danubio (1) | 2.858 Km | Mar Nero | Baden-Württemberg, Baviera |
| Reno (2) | 1.320 Km | Mare del Nord | Baden-Württemberg, Renania-Palatinato, Assia, Renania Settentrionale-Vestfalia |
| Elba (3) | 1.094 Km | Mare del Nord | Sassonia, Brandeburgo, Sassonia-Anhalt, Bassa Sassonia, Meclemburgo-Pomerania Anteriore, Schleswig-Holstein, Amburgo |
| Oder (4) | 866 Km | Laguna di Stettino | Brandeburgo |
| Mosella (5) | 545 Km | Reno | Saarland, Renania-Palatinato |
| Meno (6) | 527 Km | Reno | Baviera, Baden-Württemberg, Assia |
| Inn (7) | 510 Km | Danubio | Baviera |
| Weser (8) | 451 Km | Mare del Nord | Bassa Sassonia, Assia, Renania Settentrionale-Vestfalia, Brema |
| Saale | 413 Km | Elba | Baviera, Turingia, Sassonia-Anhalt |
| Sprea (9) | 382 Km | Havel | Sassonia, Brandeburgo, Berlino |
| Ems | 371 Km | Mare del Nord | Renania Settentrionale-Vestfalia, Bassa Sassonia |
| Neckar | 362 Km | Reno | Baden-Württemberg, Assia |
| Havel | 334 Km | Elba | Meclemburgo-Pomerania Anteriore, Brandeburgo, Berlino, Sassonia-Anhalt |
| Eger (10) | 316 Km | Elba | Baviera |
| Werra | 300 Km | Weser | Turingia, Assia, Bassa Sassonia |
| Isar (11) | 292 Km | Danubio | Baviera |
| Mulde | 290 Km | Elba | Sassonia, Sassonia-Anhalt |
| Leine | 278 Km | Aller | Turingia, Bassa Sassonia |
| Aller | 260 Km | Weser | Sassonia-Anhalt, Bassa Sassonia |
| Elster Bianco (12) | 257 Km | Saale | Sassonia, Turingia, Sassonia-Anhalt |
| Lech (13) | 256 Km | Danubio | Baviera |
| Neiße (14) | 254 Km | Oder | Sassonia, Brandeburgo |
(1) Il tratto tedesco è di 647 Km, dalla sorgente di Donaueschingen nella Foresta Nera, fino ad un paio di chilometri dopo Passau, dove segna per circa 20 Km il confine con l'Austria, prima di entrare completamente in questo Paese.
(2) Porzione tedesca di 865 chilometri; per un brevissimo tratto entra interamente in Germania a Costanza, prima di segnare varie volte il confine con la Svizzera ed in seguito con la Francia ed infine, nell'ultima parte del suo corso, con i Paesi Bassi per appena 8 Km.
(3) Nasce in Rep. Ceca ed entra in Germania a nord di Decín, per un tratto di 727 Km in territorio tedesco, fino alla sua foce.
(4) Non entra mai interamente in Germania, ma funge da confine con la Polonia per 179 chilometri.
(5) Nasce in Francia, poi segna il confine fra Lussemburgo e Germania, prima di continuare in suolo tedesco, per un totale di 242 Km.
(6) Si forma nella cittadina di Kulmbach, in Baviera, dall'unione di Meno Rosso e Meno Bianco.
(7) Nasce in Svizzera ed in seguito segna il confine fra Austria e Germania in due tratti di corso; scorre su suolo tedesco per 218 Km complessivi.
(8) Nasce dalla confluenza di Fulda e Werra, considerando quest'ultimo come ramo sorgentifero la lunghezza è 751 Km.
(9) Pochi chilometri dopo la sorgente entra per un breve tratto di 700 metri in Rep. Ceca; segna brevemente il confine della Germania con questo Paese in due occasioni.
(10) Solamente i primi 38 Km di corso sono in Germania, il resto in Rep. Ceca.
(11) Il primo breve tratto si trova in Austria; 263 Km in territorio tedesco.
(12) I 10 Km iniziali sono in Rep. Ceca, i restanti 247 in Germania.
(13) Fiume che nasce in Austria e percorre in Germania 170 Km.
(14) La sorgente si trova in Rep. Ceca; non entra mai interamente in Germania, ma prima funge da confine con questo Paese (per soli 1400 metri circa) e successivamente con la Polonia, per un totale di 201 Km.