La capitale Tallinn si trova nella parte centro-settentrionale dell'Estonia, sulle sponde del Mar Baltico, ad 80 chilometri dalla capitale finlandese Helsinki; nel territorio non sono presenti montagne, ma solo dei rilievi collinari che superano di poco i 300 metri d'altezza, con il punto più alto nella parte sud-orientale, non distante dai confini con Russia e Lettonia.
L'Estonia è suddivisa in 15 contee, quella di Pärnu nella parte centro-occidentale la più estesa, mentre quella di Harju, dove sorge la capitale, ospita quasi metà della popolazione, in poco meno del 10% del territorio.
Solamente 14 centri abitati superano i 10.000 abitanti, nemmeno uno i centomila, se escludiamo Tallinn; essi si trovano o sulla fascia costiera settentrionale sul Mar Baltico oppure nella parte centro-meridionale.