L'Indonesia è uno Stato insulare, nel quale sono presenti 3 delle 6 isole più grandi del Mondo, la Nuova Guinea, condivisa con la Papua Nuova Guinea, il Borneo, condiviso con Malaysia e Brunei ed infine Sumatra; la capitale Giacarta si trova su Giava, che è la quinta isola più estesa, ma sulla quale vive oltre metà della popolazione; le elevazioni massime si raggiungono invece sulla Nuova Guinea, nella parte più orientale del Paese, con quelle che sono le cime più alte dell'Oceania, poco sotto ai 5.000 metri d'altitudine.
Il Paese è suddiviso a livello amministrativo in 34 province, di cui 5 a statuto speciale; Papua, nell'estremità orientale, con una superficie di oltre trecentomila chilometri quadrati è la provincia più estesa, mentre le 3 province di Giava Occidentale, Centrale ed Orientale sono di gran lunga quelle più popolate.
Al censimento del 2020 erano presenti 14 città sopra il milione di abitanti, 9 delle quali sull'isola di Giava, che ha ovviamente una concentrazione maggiore di persone, con una densità oltre i 1.000 abitanti per chilometro quadrato; la parte più orientale dell'Indonesia ha invece poche città di rilievo.