Il Giappone è costituito da quasi 7.000 isole, ma con il 97% del territorio distribuito sulle quattro isole maggiori, Honshu, Hokkaido, Kyushu e Shikoku; la capitale Tokyo, l'agglomerato urbano più popoloso del Pianeta, si trova nella parte centro-orientale di Honshu, l'isola più estesa e dove si raggiungono anche le altitudini maggiori, con il Monte Fuji, come vetta più elevata del Paese.
A livello amministrativo il Paese è suddiviso in 47 prefetture, da quella nettamente più estesa dell'Hokkaido (83.456 Km²) a nord-est fino a quella più meridionale di Okinawa; oltre 2/3 delle prefetture (34) si trovano sull'isola di Honshu, seguono il Kyushu con 7 e lo Shikoku con 4; la prefettura di Tokyo, pur essendo la terza meno estesa, è quella più popolata con 13 milioni e mezzo di abitanti, mentre al secondo posto abbiamo quella adiacente di Kanagawa, che ha Yokohama come capoluogo.
12 città superano il milione di abitanti, altre 16 si collocano invece nella fascia fra mezzo ed un milione di persone; buona parte dei centri urbani principali si trovano lungo la fascia costiera meridionale dell'isola di Honshu, fra Hiroshima e Tokyo, con nel mezzo le grandi agglomerazioni di Osaka-Kobe-Kyoto e di Nagoya.