Thimphu, la capitale ed unica vera e propria città del Bhutan, si trova nella parte centro-occidentale del territorio; lungo il confine settentrionale con la Cina si raggiungono elevazioni considerevoli, ben oltre i 7.000 metri d'altezza, nella catena dell'Himalaya, in particolare grazie al Gangkar Puensum.
Il Bhutan è suddiviso a livello amministrativo in 20 distretti; Wangdue Phodrang, con una superficie prossima ai 4.000 chilometri quadrati è il distretto più esteso, mentre quello di Thimpu è il più popolato ed unico oltre i centomila abitanti.
A parte la capitale Thimphu ed in misura minore Phuntsholing, tutti gli altri centri abitati principali sono dei villaggi con poche migliaia di abitanti; si può notare dall'ultima mappa come questi centri urbani si trovino o nell'area della capitale oppure nei pressi del confine con l'India, dove il territorio è più pianeggiante.