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La capitale Amsterdam e L'Aia, dove si trovano gli uffici governativi del Paese, sono posizionate nella parte centro-occidentale del territorio, a circa 50 chilometri di distanza l'una dall'altra, con la seconda che forma un unico agglomerato urbano con Rotterdam, la seconda città più popolata dei Paesi Bassi; il Paese è in gran parte pianeggiante, con solo modesti rilievi collinari nell'estremità meridionale, che arrivano al massimo a poco più di 300 metri d'altezza.
I Paesi Bassi sono suddivisi amministrativamente in 12 province, con inoltre 3 municipalità/isole nel Mar dei Caraibi, Bonaire, Sint Eustatius e Saba; Gheldria e Brabante Settentrionale sono le due province più estese, con una superficie di poco inferiore ai 5.000 Km², mentre l'Olanda Meridionale è quella con la maggior popolazione.
La capitale Amsterdam è la città che più si avvicina al milione di abitanti, mentre sia Rotterdam che L'Aia superano le 500.000 persone; le principali città si trovano specialmente nella parte centrale del Paese, con altre aree meno densamente popolate.