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Dusanbe, la capitale e di gran lunga maggiore città del Paese, si trova nella parte occidentale di un territorio prevalentemente montuoso, che raggiunge elevazioni anche superiori ai 7.000 metri nella catena del Pamir.
Il Tagikistan è formato da 2 province, dal distretto della capitale, dalla regione autonoma del Gorno-Badakhshan e dai distretti sotto la giurisdizione del governo centrale; il Gorno-Badakhshan costituisce quasi il 45% del territorio ma è anche l'ente amministrativo meno popolato, mentre la provincia di Khatlon, che occupa la parte sud-occidentale del Paese accoglie il maggior numero di abitanti.
In Tagikistan sono presenti 4 città con più di centomila abitanti, con la capitale che supera il milione di persone; la distribuzione geografica dei centri urbani maggiori è fortemente sbilanciata verso la parte occidentale del territorio, dove si trovano alcune aree più pianeggianti.