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Bishkek, la capitale e di gran lunga maggiore città del Paese, si trova nella parte settentrionale del territorio, ad una ventina di chilometri dal confine col Kazakistan; nell'estremità più orientale sono presenti le montagne più elevate, con una quota massima ben oltre i 7.000 metri.
Il Kirghizistan è suddiviso amministrativamente in 7 regioni e 2 città indipendenti (Bishkek ed Osh); Naryn è la regione più estesa, mentre Osh e Jalal-Abad sono le due regioni col maggior numero di abitanti.
Nel Paese sono presenti 12 città con almeno 40.000 abitanti, anche se solo tre di queste superano i centomila abitanti; i centri urbani principali si concentrano soprattutto nelle aree della capitale Bishkek e di Osh, vicino al confine con l'Uzbekistan.