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La capitale Asunción si trova nella zona centro-meridionale del Paese, sulle rive del fiume Paraguay, che nella sua periferia sud inizia a segnare il confine con l'Argentina; non sono presenti rilievi montuosi importanti, con la massima vetta che supera solamente gli 800 metri d'altezza.
Il Paraguay è suddiviso in 17 dipartimenti, con il distretto della capitale che ha uno status a parte; i due dipartimenti settentrionali di Boquerón ed Alto Paraguay sono quelli con la maggior estensione territoriale, ma nel contempo anche quelli meno popolati, nonostante costituiscano più di 2/5 della superficie del Paese; il dipartimento Central, posto nei pressi della capitale è di gran lunga quello più popolato, con quasi 2 milioni di abitanti.
Sono presenti 21 città con più di 50.000 abitanti, delle quali ben 12 fanno parte dell'agglomerato urbano della capitale Asunción; fra i restanti centri abitati solamente Ciudad del Este, nei pressi del confine con Brasile ed Argentina, supera i 100.000 abitanti.