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Tegucigalpa, la capitale e maggior città dell'Honduras, sorge ad un'altitudine di circa 1.000 metri, circondata da diverse montagne; la massima elevazione del Paese si raggiunge più ad ovest, con il Cerro Las Minas.
L'Honduras è suddiviso amministrativamente in 18 dipartimenti, con quelli di Olancho e Gracias a Dios, nella parte centro-orientale del Paese, che sono i due più estesi; i dipartimenti di Cortés e di Francisco Morazán, dove si trovano le due maggiori città, sono invece quelli più popolati ed unici abbondantemente sopra il milione di abitanti.
Nel Paese sono presenti due città di buone dimensioni, la capitale Tegucigalpa e San Pedro Sula, attorno al quale sorgono altri importanti centri urbani; la distribuzione dei maggiori centri abitati è comunque abbastanza omogenea, se si eccettua la parte più orientale, scarsamente popolata.