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La capitale San Salvador si trova nella parte centro-occidentale del Paese ed è al centro di una conurbazione di oltre 1 milione e mezzo di persone; lungo il confine con l'Honduras si trovano cime di origine vulcanica fino ad oltre i 2.500 metri d'altezza.
El Salvador è suddiviso in 14 dipartimenti, con quello della capitale che è l'unico a superare il milione di abitanti; il dipartimento di Usulután, nel sud-est del Paese, è quello più esteso, ma precede di poco altri 4 dipartimenti, tutti poco oltre i 2.000 Km² di superficie.
Soyapango, nell'area urbana della capitale, è la città più popolata davanti a Santa Ana, che assieme a San Miguel è l'unico centro abitato oltre i 100.000 abitanti situato in una differente area del Paese, con una distribuzione della popolazione nettamente sbilanciata verso San Salvador e le sue immediate vicinanze.