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Giuba, la capitale e maggiore città del Sudan del Sud, si trova sulle sponde del Nilo, nella parte meridionale del Paese; il territorio è in prevalenza pianeggiante, ma vicino al confine con l'Uganda si superano i 3.000 metri d'altezza col Monte Kinyeti.
Il Sudan del Sud è suddiviso in 10 stati, ai quali vanno aggiunte le 2 aree amministrative di Pibor e Ruweng, oltre all'area amministrativa speciale di Abyei, contesa col Sudan; lo stato di Bahr al-Ghazal Occidentale è quello con la maggior estensione, mentre Jonglei è lo stato più popolato.
Al censimento del 2008 solo 12 centri abitati avevano almeno 15.000 abitanti, con quattro di questi oltre la soglia di centomila; la distribuzione delle maggiori città e cittadine è abbastanza omogenea.