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La capitale del Sudan, Khartoum, si trova nei pressi della confluenza fra Nilo Bianco e Nilo Azzurro e con le città di Omdurman e Khartoum North forma una grande conurbazione urbana; nella parte sud-occidentale di un territorio in prevalenza pianeggiante e desertico si superano di poco i 3.000 metri d'altezza.
Il Sudan è suddiviso amministrativamente in 18 stati, con quelli del Nord e del Darfur Settentrionale che sono i più estesi, ma col primo che è anche il secondo meno popolato, a causa dell'ambiente poco idoneo alla massiccia presenza umana; lo stato di Khartoum è invece quello con più abitanti e precede il vicino Gezira, in quella che è l'area più densamente popolata del Paese, grazie alla presenza di Nilo Bianco e Nilo Azzurro.
Al censimento del 2008 erano presenti 17 centri urbani sopra i centomila abitanti, fra cui 3 sopra il milione di persone, tutti nell'area urbana della capitale Khartoum; oltre metà delle città maggiori si trova lungo le sponde di Nilo Azzurro o Nilo Bianco, mentre l'area più desertica nord-occidentale non presenta centri abitati di rilievo.