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La capitale ed unica grande città del Paese, Antananarivo, si trova sugli altopiani centrali ad oltre 1.000 metri d'altezza; le vette più elevate sono ubicate nella parte settentrionale dell'isola e raggiungono al massimo poco meno di 3.000 metri.
Il Madagascar è suddiviso amministrativamente in 22 regioni, delle quali due, Atsimo-Andrefana e Sofia, con una superficie superiore ai 50.000 chilometri quadrati; le due regioni più popolose sono invece quelle di Analamanga, dove sorge la capitale Antananarivo, e di Vakinankaratra, sempre nella stessa zona.
Sette città superano i 100.000 abitanti, mentre in altre dieci sono presenti almeno 50.000 persone; i centri urbani principali sono distribuiti in maniera abbastanza omogenea sul territorio, con insediamenti sia sulle fasce costiere che nell'interno del Paese.