La capitale e maggiore città del Gibuti, che ha lo stesso nome del Paese, si trova nella parte sud-orientale del territorio e si affaccia sul Golfo di Tadjoura (Oceano Indiano); nel punto di confine con Etiopia ed Eritrea si raggiunge invece la maggior elevazione, poco sopra i 2.000 metri.
Il Gibuti è suddiviso amministrativamente in 6 regioni, col distretto della capitale equiparato alle altre province e dove vive circa il 60% della popolazione; Dikhil e di Tadjourah, con identica superficie, sono invece le due province più ampie.
Al censimento del 2009 il Gibuti aveva 6 città oltre i 10.000 abitanti, i sei capoluoghi delle relative regioni, con solamente la capitale Gibuti come vera e proria città.