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La capitale Gitega si trova in una posizione piuttosto centrale ed ha preso il posto nel 2019 dell'unica grande città del Paese, Bujumbura, più decentrata ad ovest, sulle sponde del grande Lago Tanganica; il territorio è in prevalenza montuoso, con cime che arrivano al massimo poco oltre i 2.500 metri d'altezza.
Il Burundi è suddiviso a livello amministrativo in 18 province, con quella di Ruyigi che è la più estesa ed unica sopra i 2.000 chilometri quadrati di superficie, mentre quelle di Gitega e di Ngozi, con poco più di 1 milione di abitanti, sono le due più popolate.
Al censimento del 2008 erano presenti solamente 10 centri abitati con almeno 10.000 abitanti ed un'unica grande città, l'allora capitale Bujumbura; gli insediamenti principali sono situati principalmente nella zona nord-occidentale del Paese.