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Gaborone, la capitale e maggiore città del Paese, è situata nei pressi del confine col Sudafrica, nella parte sud-orientale del territorio, zona dove si raggiungono anche le maggiori altitudini, abbastanza modeste se rapportate agli Stati limitrofi.
Il Botswana è suddiviso in 10 distretti, con inoltre 7 città e cittadine (Gaborone, Francistown, Lobatse, Selebi-Phikwe, Jwaneng, Orapa e Sowa) che hanno un valore amministrativo comparabile ai distretti; il distretto Centrale è sia quello più esteso che più popolato.
10 dei 17 centri urbani maggiori del Paese si trovano nella zona della capitale Gaborone, con le restanti città poste sempre nella parte orientale, ad eccezione di Maun, l'unico centro abitato di rilievo nel resto del territorio.