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L'Africa possiede tre dei primi dieci laghi del Pianeta, essi si trovano nella parte meridionale della Rift Valley, in una zona di antica attività vulcanica.Il Lago Vittoria, il più grande lago africano, a differenza degli altri bacini stretti ed affusolati, ha una forma più regolare ed è suddiviso, come Tanganica e Malawi, fra più Paesi.
Sono presenti in graduatoria anche diversi laghi salini, alcalini e/o stagionali, che hanno variazioni notevoli nella loro superficie in relazione alle precipitazioni ed al loro collocamento geografico; fra questi ha subito una drastica riduzione il Lago Ciad, passato dai 25.300 Km² del 1963 ai soli 1.350 Km² medi del periodo attuale.
| Lago | Superficie | Nazione | Nota |
| Lago Vittoria | 68.800 Km² | Kenya, Tanzania, Uganda | Terzo bacino lacustre più ampio del Mondo dopo Mar Caspio e Lago Superiore |
| Tanganica | 32.893 Km² | Rep. Democratica del Congo, Burundi, Tanzania, Zambia |
Secondo lago più profondo del Pianeta dopo il Bajkal (1.470 metri) |
| Malawi | 30.044 Km² | Malawi, Mozambico, Tanzania | Noto anche col nome di Niassa, è il lago mondiale che ospita il maggior numero di specie ittiche |
| Lago Makgadikgadi | 16.000 Km² | Botswana | Superficie massima raggiunta solo nel pieno della stagione delle piogge, altrimenti è in larga parte asciutto |
| Chott Melrhir | 6.700 Km² | Algeria | Lago salato e solitamente in buona parte asciutto, che raramente e per poco tempo raggiunge l'estensione indicata |
| Lago Turkana | 6.405 Km² | Etiopia, Kenya | Il più grande lago alcalino e lago desertico permanente del Mondo |
| Lago Alberto | 5.300 Km² | Rep. Democratica del Congo, Uganda |
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| Lago Mweru | 5.120 Km² | Rep. Democratica del Congo, Zambia |
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| Chott el-Jérid | 5.000 Km² | Tunisia | Area massima, raggiunta solamente nei periodi di precipitazioni più intense |
| Etosha Pan | 4.800 Km² | Namibia | Bacino non permanente che si forma talvolta durante la stagione delle piogge |
| Tana | 3.250 Km² | Etiopia | La sua superficie varia a seconda della stagione fra 3.000 e 3.500 Km² |
| Lago Bangweulu | 3.000 Km² | Zambia | Durante la stagione delle piogge può arrivare fino a circa 15.000 Km² |
| Rukwa | 2.800 Km² | Tanzania | |
| Lago Kivu | 2.700 Km² | Rep. Democratica del Congo, Ruanda |
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| Chilwa | 2.600 Km² | Malawi, Mozambico | |
| Lago Edoardo | 2.325 Km² | Rep. Democratica del Congo, Uganda |
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| Chott Ech Chergui | 2.000 Km² | Algeria | Bacino salato e per buona parte dell'anno quasi del tutto secco |
| Lago Ciad | 1.540 Km² | Camerun, Ciad | Superficie media nel 2020, dopo che oltre il 90% del lago si è prosciugato (25.300 Km² nel 1963) |
| Lago Mweru Wantipa | 1.500 Km² | Zambia | |
| Lago Manzala | 1.360 Km² | Egitto | |
| Lago Abaya | 1.160 Km² | Etiopia | |
| Eyasi | 1.000 Km² | Tanzania | Lago alcalino salato, con superficie variabile a seconda della stagione |
* sono esclusi i bacini artificiali; per i laghi salini o stagionali indicata la superficie massima, se non diversamente specificato